เรื่องราวจะเกิดขึ้นในปี 2015 ระหว่างที่ยุคสุดท้ายสิ้นสุดลง และเวทมนต์ยังคงมีอยู่ องค์กรเพื่อความอยู่รอดและรักษาความปลอดภัยของมนุษยชาติ “Caldea” ได้ถูกก่อตั้งขึ้นเพื่อเฝ้ามองโลกที่สามารถมองเห็นได้ผ่านเวทมนต์ และโลกที่เข้าถึงได้เฉพาะหลักการทางวิทยาศาสตร์ นอกจากนี้ยังมีอีกหนึ่งจุดประสงค์คือเพื่อป้องกันการล่มสลายของมวลมนุษยชาติ และด้วยผลงานของเหล่านักวิจัยมากมายที่ร่วมมือกัน ทำให้สามารถเชื่อมโลกในอดีตกว่า 100 ปีเข้ากับโลกในยุคปัจจุบันได้ แต่ทว่าโลกในอนาคตที่อยู่ภายใต้การเฝ้ามองของ Caldea มาอย่างยาวนานกลับหายไป ทำให้การล่มสลายของมวลมนุษยชาติถูกทำนายไว้ว่าจะเกิดขึ้นในปี 2017 ต้นเหตุของการล่มสลายนี้อยู่ที่เมืองฟุยุกิในประเทศญี่ปุ่น ปี 2004 โดยอยู่ๆ ก็มี “อาณาจักรที่ยังไม่ได้รับการตรวจสอบ” เกิดขึ้นมามากมายในเมื่องนี้ Caldea จึงส่ง Grand Order ออกไปเพื่อ “การเดินทางแห่งจอกศักดิ์สิทธิ์” เพื่อตรวจสอบ, ค้นพบ และหาทางทำลายสิ่งที่มีความเป็นไปได้ว่าจะทำให้มนุษยชาติล่มสลายลง
