เนื้อเรื่อง Buddy Complex เป็นเรื่องราว เกี่ยวกับมิตรภาพของสองหนุ่ม โดยเริ่มจาก Aoba Watasa เด็กหนุ่มผู่ใช้ชีวิตอันแสนปกติเรียบง่ายอยู่ในโตเกียว แต่ในเช้าวันเปิดเทอม ขณะที่เขากำลังไปโรงเรียนก็ได้พบกับ Jyunyou Dio Weinberg เด็กหนุ่มที่จะเปลี่ยนชะตากรรมของโลกไปพร้อมกับเขา